Illumina甲基化芯片Infinium MethylationEPIC BeadChip(簡稱850K甲基化芯片),
在原450K芯片的基礎上,推出了新一代的DNA甲基化芯片;
包含了原450K芯片91%的位點,又增加了413,745個位點(總共853,307個CpG位點);
850K芯片覆蓋基因啟動子區(qū)、基因編碼區(qū)、CpG島以及增強子區(qū);
普遍用于復雜疾病甲基化研究,以及大樣本EWAS研究的。
850K芯片技術參數(shù)
針對人基因組,檢測853,307個CpG位點,覆蓋CpG島、啟動子、編碼區(qū)、開放染色質和增強子;
同時采用Infinium I及II探針設計,使檢測范圍更大化;
單堿基分辨率,可以直接檢測到發(fā)生甲基化的確切位點;
重復性較高,技術重復相關性以及與450K相同探針間的相關性R2 > 0.98;
起始模板量低,只需 250ng;適用于FFPE樣本。
樣本類型和要求
樣本類型 | 樣本要求 |
人基因組DNA | 總量≥ 2ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
850K芯片 | 分析內容 |
標準分析 | 1.原始數(shù)據(jù)預處理 |
2.數(shù)據(jù)歸一化(甲基化位點總表,含注釋信息) | |
3.QC結果(beta值密度曲線,聚類圖,PCA圖,相關性圖) | |
4.差異甲基化位點(含注釋信息) | |
5.差異甲基化位點的染色體分布 | |
6.差異甲基化位點的基因功能注釋與富集 | |
7.差異甲基化位點的熱圖展示 | |
高級分析 | 8、特定基因組區(qū)段的DMR展示 |
9、甲基化與轉錄的關聯(lián)分析 | |
10、其它定制化分析 |
Illumina甲基化芯片Infinium MethylationEPIC BeadChip(簡稱850K甲基化芯片),
在原450K芯片的基礎上,推出了新一代的DNA甲基化芯片;
包含了原450K芯片91%的位點,又增加了413,745個位點(總共853,307個CpG位點);
850K芯片覆蓋基因啟動子區(qū)、基因編碼區(qū)、CpG島以及增強子區(qū);
普遍用于復雜疾病甲基化研究,以及大樣本EWAS研究的。
850K芯片技術參數(shù)
針對人基因組,檢測853,307個CpG位點,覆蓋CpG島、啟動子、編碼區(qū)、開放染色質和增強子;
同時采用Infinium I及II探針設計,使檢測范圍更大化;
單堿基分辨率,可以直接檢測到發(fā)生甲基化的確切位點;
重復性較高,技術重復相關性以及與450K相同探針間的相關性R2 > 0.98;
起始模板量低,只需 250ng;適用于FFPE樣本。
樣本類型和要求
樣本類型 | 樣本要求 |
人基因組DNA | 總量≥ 2ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
850K芯片 | 分析內容 |
標準分析 | 1.原始數(shù)據(jù)預處理 |
2.數(shù)據(jù)歸一化(甲基化位點總表,含注釋信息) | |
3.QC結果(beta值密度曲線,聚類圖,PCA圖,相關性圖) | |
4.差異甲基化位點(含注釋信息) | |
5.差異甲基化位點的染色體分布 | |
6.差異甲基化位點的基因功能注釋與富集 | |
7.差異甲基化位點的熱圖展示 | |
高級分析 | 8、特定基因組區(qū)段的DMR展示 |
9、甲基化與轉錄的關聯(lián)分析 | |
10、其它定制化分析 |
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