oxBS-seq精確甲基化,單堿基分辨率
5hmC是被認(rèn)為第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用;
并且在近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標(biāo)志物的研究,具有重要的臨床價(jià)值;
重亞硫酸鹽測(cè)序不能區(qū)分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實(shí)際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號(hào);
氧化亞硫酸鹽測(cè)序,先將5hmC氧化為甲酰基修飾(5fC),進(jìn)而被亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換為堿基U,實(shí)現(xiàn)DNA 甲基化的精確檢測(cè);
而同時(shí)對(duì)樣本進(jìn)行BS-Seq和oxBS-Seq測(cè)序則可實(shí)現(xiàn)對(duì)5hmC單堿基分辨率的檢測(cè),是羥甲基化檢測(cè)的金標(biāo)準(zhǔn)方案。
重點(diǎn)技術(shù)及質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項(xiàng)目
艾斯團(tuán)隊(duì)專注表觀組學(xué)10年,提供專業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開發(fā)羥甲基化測(cè)序技術(shù)的團(tuán)隊(duì),國內(nèi)較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;
嚴(yán)格的oxBS文庫構(gòu)建質(zhì)控,氧化率>90%, Bisulfite轉(zhuǎn)化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動(dòng)物羥甲基化測(cè)序及oxBS測(cè)序分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文;
專業(yè)的生物信息分析團(tuán)隊(duì), 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設(shè)計(jì)
從項(xiàng)目方案、樣本處理、建庫測(cè)序,到數(shù)據(jù)分析;
每個(gè)項(xiàng)目需要專業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型/文庫類型 | 樣本要求 |
基因組DNA (WGBS + oxWGBS) | 總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (RRBS + oxRRBS) | 總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (TBS + oxTBS) | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
細(xì)胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準(zhǔn)備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運(yùn)輸 |
信息分析
oxBS-seq | 分析內(nèi)容 | 備注 |
標(biāo)準(zhǔn)分析 | 1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估 | 過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù),保證數(shù)據(jù)質(zhì)量 |
2、氧化率及亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化率評(píng)估 | 通過內(nèi)參進(jìn)行質(zhì)控文庫 | |
3、與參考基因組比對(duì) | 比對(duì)率和覆蓋度分析 | |
4、5mC/5hmC位點(diǎn)Calling | 評(píng)估胞嘧啶甲基化狀態(tài) | |
5、5mC/5hmC圖譜分析 | 5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異DMR/DhMR分析 | 尋找DMR/DhM及注釋 | |
7、差異5mC/5hmC基因分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類分析 | PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規(guī)律 | |
高級(jí)分析 | 9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析 |
10、其它定制化分析 | 結(jié)合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
oxBS-seq精確甲基化,單堿基分辨率
5hmC是被認(rèn)為第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用;
并且在近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標(biāo)志物的研究,具有重要的臨床價(jià)值;
重亞硫酸鹽測(cè)序不能區(qū)分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實(shí)際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號(hào);
氧化亞硫酸鹽測(cè)序,先將5hmC氧化為甲酰基修飾(5fC),進(jìn)而被亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換為堿基U,實(shí)現(xiàn)DNA 甲基化的精確檢測(cè);
而同時(shí)對(duì)樣本進(jìn)行BS-Seq和oxBS-Seq測(cè)序則可實(shí)現(xiàn)對(duì)5hmC單堿基分辨率的檢測(cè),是羥甲基化檢測(cè)的金標(biāo)準(zhǔn)方案。
重點(diǎn)技術(shù)及質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項(xiàng)目
艾斯團(tuán)隊(duì)專注表觀組學(xué)10年,提供專業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開發(fā)羥甲基化測(cè)序技術(shù)的團(tuán)隊(duì),國內(nèi)較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;
嚴(yán)格的oxBS文庫構(gòu)建質(zhì)控,氧化率>90%, Bisulfite轉(zhuǎn)化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動(dòng)物羥甲基化測(cè)序及oxBS測(cè)序分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文;
專業(yè)的生物信息分析團(tuán)隊(duì), 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設(shè)計(jì)
從項(xiàng)目方案、樣本處理、建庫測(cè)序,到數(shù)據(jù)分析;
每個(gè)項(xiàng)目需要專業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型/文庫類型 | 樣本要求 |
基因組DNA (WGBS + oxWGBS) | 總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (RRBS + oxRRBS) | 總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (TBS + oxTBS) | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
細(xì)胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準(zhǔn)備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運(yùn)輸 |
信息分析
oxBS-seq | 分析內(nèi)容 | 備注 |
標(biāo)準(zhǔn)分析 | 1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估 | 過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù),保證數(shù)據(jù)質(zhì)量 |
2、氧化率及亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化率評(píng)估 | 通過內(nèi)參進(jìn)行質(zhì)控文庫 | |
3、與參考基因組比對(duì) | 比對(duì)率和覆蓋度分析 | |
4、5mC/5hmC位點(diǎn)Calling | 評(píng)估胞嘧啶甲基化狀態(tài) | |
5、5mC/5hmC圖譜分析 | 5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異DMR/DhMR分析 | 尋找DMR/DhM及注釋 | |
7、差異5mC/5hmC基因分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類分析 | PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規(guī)律 | |
高級(jí)分析 | 9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析 |
10、其它定制化分析 | 結(jié)合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
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