羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用產(chǎn)品介紹羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用;
重亞硫酸鹽測序并不能區(qū)分甲基化5mC和羥甲基化5hmC，實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號，
TET輔助重亞硫酸鹽測序(Tet-assisted bisulfite sequencing, TAB-seq))通過對5hmC進行糖基化保護(免受TET蛋白的氧化)，
而5mC和C被脫氨基成尿嘧啶，進而可以從單個堿基水平鑒定5hmC。
用心服務(wù)每一個項目
專注表觀組學(xué)10年，提供專業(yè)有價值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團隊，國內(nèi)較早推出多種組合的解決方案;
嚴格的TAB-seq文庫構(gòu)建質(zhì)控，Bisulfite轉(zhuǎn)化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及TAB-seq測序分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文;
專業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設(shè)計
從項目方案、樣本處理、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析;
每個項目需要專業(yè)、有價值的建議;及時高效的溝通，以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型/文庫類型
樣本要求
基因組DNA (TAB-WGBS)
總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量
基因組DNA (TAB-RRBS)
總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量
細胞、全血、新鮮冷凍組織等
按照送樣要求準備
備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸
信息分析
TAB-seq
分析內(nèi)容
備注
標準分析
1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量
2、氧化率及亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化率評估
通過內(nèi)參進行質(zhì)控文庫
3、與參考基因組比對
比對率和覆蓋度分析
4、5hmC位點Calling
評估胞嘧啶甲基化狀態(tài)
5、5hmC圖譜分析
5hmC在基因組、功能元件上的分布
6、組間差異DhMR分析
尋找DhMR及注釋
7、差異5hmC基因分析
DMG富集分析GO，KEGG
8、多樣本聚類分析
PCA分析多樣本5hmC變化規(guī)律
高級分析
9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析
例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析
10、其它定制化分析
結(jié)合課題背景亮點挖掘
產(chǎn)品介紹羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用;
重亞硫酸鹽測序并不能區(qū)分甲基化5mC和羥甲基化5hmC，實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號，
TET輔助重亞硫酸鹽測序(Tet-assisted bisulfite sequencing, TAB-seq))通過對5hmC進行糖基化保護(免受TET蛋白的氧化)，
而5mC和C被脫氨基成尿嘧啶，進而可以從單個堿基水平鑒定5hmC。
用心服務(wù)每一個項目
專注表觀組學(xué)10年，提供專業(yè)有價值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團隊，國內(nèi)較早推出多種組合的解決方案;
嚴格的TAB-seq文庫構(gòu)建質(zhì)控，Bisulfite轉(zhuǎn)化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及TAB-seq測序分析;
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專業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設(shè)計
從項目方案、樣本處理、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析;
每個項目需要專業(yè)、有價值的建議;及時高效的溝通，以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型/文庫類型
樣本要求
基因組DNA (TAB-WGBS)
總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量
基因組DNA (TAB-RRBS)
總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量
細胞、全血、新鮮冷凍組織等
按照送樣要求準備
備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸
信息分析
TAB-seq
分析內(nèi)容
備注
標準分析
1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量
2、氧化率及亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化率評估
通過內(nèi)參進行質(zhì)控文庫
3、與參考基因組比對
比對率和覆蓋度分析
4、5hmC位點Calling
評估胞嘧啶甲基化狀態(tài)
5、5hmC圖譜分析
5hmC在基因組、功能元件上的分布
6、組間差異DhMR分析
尋找DhMR及注釋
7、差異5hmC基因分析
DMG富集分析GO，KEGG
8、多樣本聚類分析
PCA分析多樣本5hmC變化規(guī)律
高級分析
9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析
例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析
10、其它定制化分析
結(jié)合課題背景亮點挖掘
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