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5hmC化學(xué)捕獲測(cè)序(5hmC Seal)

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羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用
產(chǎn)品介紹

羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用;

并且在較近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標(biāo)志物的研究,具有重要的臨床價(jià)值;

5hmC化學(xué)捕獲測(cè)序(5hmC-Seal)通過(guò)點(diǎn)擊化學(xué)、生物素標(biāo)記捕獲等原理(Nat Biotechnol. 2011;29(1):68-72),

減少了基于亞硫酸鹽測(cè)序?qū)NA損傷,降低了DNA輸入量的要求,

滿足不同樣本類型包括血漿cfDNA的全基因組范圍羥甲基化檢測(cè);

普遍用于: 1) 發(fā)育和疾病甲基化機(jī)制研究; 2) 復(fù)雜疾病與腫瘤分子分型與診斷預(yù)后; 3) cfDNA羥甲基化檢測(cè)、液體活檢等臨床應(yīng)用。

重點(diǎn)技術(shù)及質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項(xiàng)目

專注表觀組學(xué)10年,提供專業(yè)有價(jià)值的羥甲基化完整解決方案;

較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測(cè)序技術(shù)的團(tuán)隊(duì)之一, 國(guó)內(nèi)較早推出多種組合的羥甲基化解決方案;

從樣本采集、cfDNA提取、建庫(kù)測(cè)序的完整cfDNA羥甲基化檢測(cè)方案;

低至5ng血漿cfDNA的5hmC Seal文庫(kù)構(gòu)建重點(diǎn)技術(shù);

自動(dòng)化樣本處理、建庫(kù)及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;

已完成多種腫瘤組織、cfDNA及哺乳動(dòng)物羥甲基化測(cè)序及分析;

助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

基因組DNA

總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

血漿/血清/cfDNA

建議提供2-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA

細(xì)胞、全血、動(dòng)物組織等

按照送樣要求準(zhǔn)備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運(yùn)輸

數(shù)據(jù)分析

Seal-seq

分析內(nèi)容

備注

標(biāo)準(zhǔn)分析

1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估

過(guò)濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù),保證數(shù)據(jù)質(zhì)量

2、與參考基因組比對(duì)

測(cè)序Reads 在基因組上的分布

3、5hmC Peak峰Calling

5hmC富集區(qū)域鑒定

4、5hmC Peak圖譜分析

5hmC Peak在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、組間差異5hmC Peak分析

尋找DhMR及注釋

7、差異5hmC Peak基因分析

相關(guān)基因GO,KEGG富集分析

高級(jí)分析

8、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析

例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析

9、其它定制化分析

結(jié)合課題背景亮點(diǎn)挖掘


5hmC化學(xué)捕獲測(cè)序(5hmC Seal)
5hmC化學(xué)捕獲測(cè)序(5hmC Seal)

5hmC化學(xué)捕獲測(cè)序(5hmC Seal)

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羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用;

并且在較近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標(biāo)志物的研究,具有重要的臨床價(jià)值;

5hmC化學(xué)捕獲測(cè)序(5hmC-Seal)通過(guò)點(diǎn)擊化學(xué)、生物素標(biāo)記捕獲等原理(Nat Biotechnol. 2011;29(1):68-72),

減少了基于亞硫酸鹽測(cè)序?qū)NA損傷,降低了DNA輸入量的要求,

滿足不同樣本類型包括血漿cfDNA的全基因組范圍羥甲基化檢測(cè);

普遍用于: 1) 發(fā)育和疾病甲基化機(jī)制研究; 2) 復(fù)雜疾病與腫瘤分子分型與診斷預(yù)后; 3) cfDNA羥甲基化檢測(cè)、液體活檢等臨床應(yīng)用。

重點(diǎn)技術(shù)及質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項(xiàng)目

專注表觀組學(xué)10年,提供專業(yè)有價(jià)值的羥甲基化完整解決方案;

較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測(cè)序技術(shù)的團(tuán)隊(duì)之一, 國(guó)內(nèi)較早推出多種組合的羥甲基化解決方案;

從樣本采集、cfDNA提取、建庫(kù)測(cè)序的完整cfDNA羥甲基化檢測(cè)方案;

低至5ng血漿cfDNA的5hmC Seal文庫(kù)構(gòu)建重點(diǎn)技術(shù);

自動(dòng)化樣本處理、建庫(kù)及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;

已完成多種腫瘤組織、cfDNA及哺乳動(dòng)物羥甲基化測(cè)序及分析;

助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

基因組DNA

總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

血漿/血清/cfDNA

建議提供2-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA

細(xì)胞、全血、動(dòng)物組織等

按照送樣要求準(zhǔn)備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運(yùn)輸

數(shù)據(jù)分析

Seal-seq

分析內(nèi)容

備注

標(biāo)準(zhǔn)分析

1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估

過(guò)濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù),保證數(shù)據(jù)質(zhì)量

2、與參考基因組比對(duì)

測(cè)序Reads 在基因組上的分布

3、5hmC Peak峰Calling

5hmC富集區(qū)域鑒定

4、5hmC Peak圖譜分析

5hmC Peak在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、組間差異5hmC Peak分析

尋找DhMR及注釋

7、差異5hmC Peak基因分析

相關(guān)基因GO,KEGG富集分析

高級(jí)分析

8、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析

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9、其它定制化分析

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