羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用;
并且在較近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標(biāo)志物的研究,具有重要的臨床價(jià)值;
5hmC化學(xué)捕獲測(cè)序(5hmC-Seal)通過(guò)點(diǎn)擊化學(xué)、生物素標(biāo)記捕獲等原理(Nat Biotechnol. 2011;29(1):68-72),
減少了基于亞硫酸鹽測(cè)序?qū)NA損傷,降低了DNA輸入量的要求,
滿足不同樣本類型包括血漿cfDNA的全基因組范圍羥甲基化檢測(cè);
普遍用于: 1) 發(fā)育和疾病甲基化機(jī)制研究; 2) 復(fù)雜疾病與腫瘤分子分型與診斷預(yù)后; 3) cfDNA羥甲基化檢測(cè)、液體活檢等臨床應(yīng)用。
重點(diǎn)技術(shù)及質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項(xiàng)目
專注表觀組學(xué)10年,提供專業(yè)有價(jià)值的羥甲基化完整解決方案;
較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測(cè)序技術(shù)的團(tuán)隊(duì)之一, 國(guó)內(nèi)較早推出多種組合的羥甲基化解決方案;
從樣本采集、cfDNA提取、建庫(kù)測(cè)序的完整cfDNA羥甲基化檢測(cè)方案;
低至5ng血漿cfDNA的5hmC Seal文庫(kù)構(gòu)建重點(diǎn)技術(shù);
自動(dòng)化樣本處理、建庫(kù)及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;
已完成多種腫瘤組織、cfDNA及哺乳動(dòng)物羥甲基化測(cè)序及分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。
樣本類型和要求
樣本類型 | 樣本要求 |
基因組DNA | 總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
血漿/血清/cfDNA | 建議提供2-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA |
細(xì)胞、全血、動(dòng)物組織等 | 按照送樣要求準(zhǔn)備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運(yùn)輸 |
數(shù)據(jù)分析
Seal-seq | 分析內(nèi)容 | 備注 |
標(biāo)準(zhǔn)分析 | 1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù),保證數(shù)據(jù)質(zhì)量 |
2、與參考基因組比對(duì) | 測(cè)序Reads 在基因組上的分布 | |
3、5hmC Peak峰Calling | 5hmC富集區(qū)域鑒定 | |
4、5hmC Peak圖譜分析 | 5hmC Peak在基因組,染色體,功能元件上的分布 | |
6、組間差異5hmC Peak分析 | 尋找DhMR及注釋 | |
7、差異5hmC Peak基因分析 | 相關(guān)基因GO,KEGG富集分析 | |
高級(jí)分析 | 8、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析 |
9、其它定制化分析 | 結(jié)合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用;
并且在較近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標(biāo)志物的研究,具有重要的臨床價(jià)值;
5hmC化學(xué)捕獲測(cè)序(5hmC-Seal)通過(guò)點(diǎn)擊化學(xué)、生物素標(biāo)記捕獲等原理(Nat Biotechnol. 2011;29(1):68-72),
減少了基于亞硫酸鹽測(cè)序?qū)NA損傷,降低了DNA輸入量的要求,
滿足不同樣本類型包括血漿cfDNA的全基因組范圍羥甲基化檢測(cè);
普遍用于: 1) 發(fā)育和疾病甲基化機(jī)制研究; 2) 復(fù)雜疾病與腫瘤分子分型與診斷預(yù)后; 3) cfDNA羥甲基化檢測(cè)、液體活檢等臨床應(yīng)用。
重點(diǎn)技術(shù)及質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項(xiàng)目
專注表觀組學(xué)10年,提供專業(yè)有價(jià)值的羥甲基化完整解決方案;
較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測(cè)序技術(shù)的團(tuán)隊(duì)之一, 國(guó)內(nèi)較早推出多種組合的羥甲基化解決方案;
從樣本采集、cfDNA提取、建庫(kù)測(cè)序的完整cfDNA羥甲基化檢測(cè)方案;
低至5ng血漿cfDNA的5hmC Seal文庫(kù)構(gòu)建重點(diǎn)技術(shù);
自動(dòng)化樣本處理、建庫(kù)及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;
已完成多種腫瘤組織、cfDNA及哺乳動(dòng)物羥甲基化測(cè)序及分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。
樣本類型和要求
樣本類型 | 樣本要求 |
基因組DNA | 總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
血漿/血清/cfDNA | 建議提供2-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA |
細(xì)胞、全血、動(dòng)物組織等 | 按照送樣要求準(zhǔn)備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運(yùn)輸 |
數(shù)據(jù)分析
Seal-seq | 分析內(nèi)容 | 備注 |
標(biāo)準(zhǔn)分析 | 1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù),保證數(shù)據(jù)質(zhì)量 |
2、與參考基因組比對(duì) | 測(cè)序Reads 在基因組上的分布 | |
3、5hmC Peak峰Calling | 5hmC富集區(qū)域鑒定 | |
4、5hmC Peak圖譜分析 | 5hmC Peak在基因組,染色體,功能元件上的分布 | |
6、組間差異5hmC Peak分析 | 尋找DhMR及注釋 | |
7、差異5hmC Peak基因分析 | 相關(guān)基因GO,KEGG富集分析 | |
高級(jí)分析 | 8、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析 |
9、其它定制化分析 | 結(jié)合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
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