背景介紹

宏基因組（metagenomics）是一種基因組學研究方法，用于研究環(huán)境樣品中所有微生物的基因組信息，包括細菌、真菌、病毒、古菌等。與傳統(tǒng)的基因組學研究方法不同，宏基因組不需要單獨分離和純化微生物，而是直接從環(huán)境樣品中提取DNA，并進行高通量測序，從而獲得環(huán)境中所有微生物的基因組序列信息。

宏基因組研究的應用非常廣泛，包括環(huán)境監(jiān)測、生物多樣性研究、疾病診斷、藥物開發(fā)等。它可以幫助我們了解微生物的多樣性、分布、功能和相互作用，從而揭示微生物世界中的許多未知領域。

技術介紹

宏基因組高通量測序（mNGS）技術是對標本中全部核酸進行高通量測序，并通過生物信息學分析以識別標本中病原體的檢測方法。

近年來，mNGS技術憑借不依賴傳統(tǒng)微生物培養(yǎng)、病原體覆蓋廣及無須預先假設存在的病原體等優(yōu)勢，已成功應用于多種類型臨床感染性疾病的病原體診斷，新發(fā)、突發(fā)傳染病的調查，耐藥基因檢測以及宿主免疫應答分析等領域

技術特點

1. 不依賴于傳統(tǒng)培養(yǎng)技術，可檢測不可培養(yǎng)微生物物種。

2. 無PCR偏好性，可檢測特定環(huán)境重細菌、真菌、病毒等所有微生物。

3. 不但可獲得菌群物種信息，還可獲得菌群的基因和功能信息。

4. 與擴增子測序相比，可獲得種水平，甚至菌株水平信息。

5. 更加精確解析微生物群落結構與功能。

技術流程

樣本類型

1.菌體，環(huán)境樣本，DNA 等；

分析流程和結果

1.測序數(shù)據(jù)質控；

2.OTU 聚類分析；

3.Alpha 多樣性分析；

4.Beta 多樣性分析；

5.物種分析；

1. 顯著性差異分析

應用場景

1. 診斷感染性疾病

2. 檢測耐藥基因

3. 發(fā)現(xiàn)未知病原體

4. 分析宿主轉錄組