RNA結(jié)合蛋白免疫共沉淀測(cè)序(RIP-seq)

—全轉(zhuǎn)錄組范圍揭示RNA與蛋白互作技術(shù)

RNA結(jié)合蛋白（RNA binding protiens）結(jié)合RNA調(diào)控基因表達(dá)，與RNA相互作用是聯(lián)系多組學(xué)的橋梁。從表觀遺傳到蛋白代謝，RNA蛋白互作的研究是高分文章必不可少的。RIP-seq（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay Sequencing，RNA 結(jié)合蛋白免疫沉淀測(cè)序）通過(guò)特定抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物富集沉淀下來(lái)，經(jīng)過(guò)分離純化就可以對(duì)結(jié)合該區(qū)域RNA序列進(jìn)行高通量測(cè)序，在轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)鑒定與蛋白結(jié)合的區(qū)域，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的有力工具。為多組學(xué)助力機(jī)制研究，艾斯基因引入RIP-seq這一研究轉(zhuǎn)錄后動(dòng)態(tài)調(diào)控技術(shù)，精確定位RNA與蛋白互作，助力廣大科研工作者發(fā)表高分SCI文章！ 

RIP-seq實(shí)驗(yàn)原理圖

艾斯優(yōu)勢(shì)

項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富

已經(jīng)完成人、動(dòng)植物等幾十個(gè)物種, 5000+例樣本項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)

專業(yè)生信分析團(tuán)隊(duì)

針對(duì)多組學(xué)測(cè)序，艾斯搭建多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析流程，多維度助力科研機(jī)制研究

高效自動(dòng)化流程

自動(dòng)化樣本處理、建庫(kù)及分析流程，保障高效周期，40天極速交付

高水平文章經(jīng)驗(yàn)

團(tuán)隊(duì)已經(jīng)發(fā)表Genome Biol、Nat Commun、Cell Res等高水平SCI文章

樣本類型和送樣要求

備注：詳細(xì)送樣要求參考 RIP-seq送樣要求2024

數(shù)據(jù)信息分析

在研究中大多數(shù)技術(shù)都不是單一使用，RIP-seq也不例外，它會(huì)搭配其他組學(xué)一起對(duì)研究的深度和廣度進(jìn)行擴(kuò)充。RIP-seq可以與多種技術(shù)聯(lián)合分析，RNA-seq、m6A-seq等。

案例分析1:m6A識(shí)別蛋白YTHDF1在低氧適應(yīng)和非小細(xì)胞肺癌發(fā)生發(fā)展中的重要功能

YTHDF1 links hypoxia adaptation and non-small cell lung cancer progression. Nat Commun 10, 4892 (2019)..

研究?jī)?nèi)容：研究發(fā)現(xiàn)YTHDF1作為m6A修飾后的RNA結(jié)合蛋白家族成員之一，在高原家養(yǎng)哺乳動(dòng)物中低表達(dá)，而在正常肺上皮細(xì)胞中抑制其表達(dá)可以抵抗低氧誘導(dǎo)的細(xì)胞凋亡。深入研究發(fā)現(xiàn)，YTHDF1在非小細(xì)胞肺癌腫瘤組織和細(xì)胞系中均高表達(dá)，其在常氧條件下通過(guò)加速CDK2和CDK4等細(xì)胞周期蛋白的表達(dá)來(lái)促進(jìn)腫瘤細(xì)胞的增殖；而在鉑類藥物為主的化療壓力環(huán)境下，由于YTHDF1高表達(dá)促進(jìn)了Keap1蛋白的表達(dá)，導(dǎo)致Nrf2轉(zhuǎn)錄因子的迅速降解和下游耐藥基因AKR1C1的沉默，因此腫瘤患者對(duì)化療更敏感且總生存時(shí)間更長(zhǎng)

研究技術(shù)：RIP-seq、m6A-seq、RNA-seq

研究總結(jié)：聯(lián)合運(yùn)用了RIP-seq和m6A-seq，鑒定出細(xì)胞周期因子CDK2和CDK4的m6A修飾發(fā)生了變化，且被YTHDF1所識(shí)別和結(jié)合。CDK2和CDK4表達(dá)的紊亂也導(dǎo)致細(xì)胞周期的紊亂，使得癌細(xì)胞增殖加速

圖1 m6A-seq和 RIP-seq揭示YTHDF1調(diào)控模型

圖2 IGV圖展示CDK2和CDK4的RNA結(jié)合蛋白富集差異和m6A修飾差異

案例內(nèi)容

結(jié)果內(nèi)容

建議內(nèi)容