羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用。產(chǎn)品介紹?全基因組羥甲基化APOBEC偶聯(lián)測序(ACE-seq)
——低成本羥甲基化5hmC單堿基分辨率方案！
羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用。盡管OX-BS能夠區(qū)分5hmC和5mC進(jìn)行羥甲基化的研究，但兩個文庫的制備測序成本依然過高。艾斯基因針對5hmC研究隆重推出新一代羥甲基化檢測產(chǎn)品?APOBEC-coupled epigenetic sequencing（ACE-seq）！使用AID/APOBEC家族DNA脫氨酶APOBEC3A（A3A）進(jìn)行脫氨，能夠特異地脫去C及5mC的氨基使其變?yōu)閁，在全基因組單堿基水平對5hmC進(jìn)行高靈敏度的檢測。
技術(shù)優(yōu)勢
重點技術(shù)產(chǎn)品，用心服務(wù)每一個項目
專注表觀組學(xué)10年，提供專業(yè)有價值的DNA甲基化完整解決方案；
較早開發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團(tuán)隊，國內(nèi)較早推出多種組合的解決方案；
嚴(yán)格的ACE-seq文庫構(gòu)建質(zhì)控，轉(zhuǎn)化率>99%；
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及ACE-seq測序分析；
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。
樣本類型和要求
樣本類型
樣本要求
人基因組DNA
提供 ≥ 2ug; 去除RNA和蛋白殘留; 濃度≥ 25ng/ul, 基于Qubit定量
新鮮冷凍組織
取不少于10-30mg（綠豆∽黃豆大?。┙M織，放置-20℃或者-80℃冰箱保存
培養(yǎng)細(xì)胞
提供不少于2x10*6個細(xì)胞; 收集貼壁或者懸浮細(xì)胞、用PBS洗滌1次，600g 離心5分鐘, 離心后去除上清PBS，保留細(xì)胞沉淀
全血樣本
提供0.5-2ml外周血或者白膜層; 放到1.5 /2.0ml 離心管里; 避免肝素抗凝管
石蠟切片F(xiàn)FPE
提供 ≥ 1ug; 片段主帶大于500bp以上; 濃度≥ 20ng/ul; 基于Qubit定量
提供不少于15張切片，組織面積不小于1cm2, 4-10μM 厚; 腫瘤細(xì)胞比例不少于30%; 切片放到1.5 /2.0 ml 離心管里
血漿/血清/cfDNA
提供>15ng cfDNA, 沒有大片段基因組，單核小體cfDNA占比不少于50%
提供1-4ml血漿/血清; 樣本準(zhǔn)備注意事項見附件1, 提供采血管
微量樣本
提供不少于100ng DNA, 濃度≥ 2ng/ul, 基于Qubit定量
其他臨床樣本
例如唾液, 尿液, 各類灌洗液, 拭子, 分泌物等樣本, 咨詢技術(shù)支持
備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸，建議加幾塊冰袋更安全
數(shù)據(jù)信息分析
CpG Island Panel
分析內(nèi)容
備注
標(biāo)準(zhǔn)分析
1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量
2、與參考基因組比對
比對率和覆蓋度分析
3、羥甲基化位點Calling
評估胞嘧啶羥甲基化狀態(tài)
4、羥甲基化分布圖譜分析
羥甲基化在基因組、功能元件上的分布
5、組間差異羥甲基化DMR分析
尋找hDMR及注釋
6、差異羥甲基化基因DMG分析
hDMG富集分析GO，KEGG
7、多樣本聚類分析
PCA分析多樣本甲基化變化規(guī)律
高級分析
8、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析
例如與基因組, 轉(zhuǎn)錄組, 代謝組等數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析
9、關(guān)聯(lián)臨床信息分析
結(jié)合樣本臨床信息進(jìn)行統(tǒng)計分析挖掘
10、其它定制化分析
結(jié)合課題背景亮點挖掘
案例分析1：小鼠胚胎干細(xì)胞的羥甲基化研究
Dynamics of DNA hydroxymethylation and methylation during mouse embryonic and germline development. Nat Genet 55, 130–143 (2023)
研究背景：在哺乳動物中，DNA 5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)參與了胚胎早期發(fā)育過程中的甲基化重編程。然而，5hmC在多大程度上參與全基因組甲基化重編程仍然是未知的。
研究材料：小鼠胚胎細(xì)胞(C57BL/6J)
研究方法：ACE-seq、轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq)
研究結(jié)果：
1、親代等位基因特異性描述了小鼠早期胚胎和生殖細(xì)胞中的5hmC景觀
2、與受精卵的新生甲基化或維持性甲基化相比，DNA羥甲基化與DNA去甲基化的相關(guān)性更強；
3、小鼠受精卵中Dnmt1/Uhrf1的異常核定位導(dǎo)致DNA復(fù)制偶聯(lián)被動去甲基化缺陷和5hmC沉積受損；
研究結(jié)論：
表征了小鼠早期胚胎和生殖細(xì)胞中的5hmC景觀，揭示了全基因組5-甲基胞嘧啶(5mC)維持與tee介導(dǎo)的氧化之間的差異。
圖1 小鼠早期胚胎和生殖系細(xì)胞DNA羥甲基組研究的實驗設(shè)計
圖2 E6.5胚泡至E13.5 PGCs外胚層細(xì)胞中5hmC的動態(tài)變化
產(chǎn)品介紹?全基因組羥甲基化APOBEC偶聯(lián)測序(ACE-seq)
——低成本羥甲基化5hmC單堿基分辨率方案！
羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用。盡管OX-BS能夠區(qū)分5hmC和5mC進(jìn)行羥甲基化的研究，但兩個文庫的制備測序成本依然過高。艾斯基因針對5hmC研究隆重推出新一代羥甲基化檢測產(chǎn)品?APOBEC-coupled epigenetic sequencing（ACE-seq）！使用AID/APOBEC家族DNA脫氨酶APOBEC3A（A3A）進(jìn)行脫氨，能夠特異地脫去C及5mC的氨基使其變?yōu)閁，在全基因組單堿基水平對5hmC進(jìn)行高靈敏度的檢測。
技術(shù)優(yōu)勢
重點技術(shù)產(chǎn)品，用心服務(wù)每一個項目
專注表觀組學(xué)10年，提供專業(yè)有價值的DNA甲基化完整解決方案；
較早開發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團(tuán)隊，國內(nèi)較早推出多種組合的解決方案；
嚴(yán)格的ACE-seq文庫構(gòu)建質(zhì)控，轉(zhuǎn)化率>99%；
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及ACE-seq測序分析；
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。
樣本類型和要求
樣本類型
樣本要求
人基因組DNA
提供 ≥ 2ug; 去除RNA和蛋白殘留; 濃度≥ 25ng/ul, 基于Qubit定量
新鮮冷凍組織
取不少于10-30mg（綠豆∽黃豆大?。┙M織，放置-20℃或者-80℃冰箱保存
培養(yǎng)細(xì)胞
提供不少于2x10*6個細(xì)胞; 收集貼壁或者懸浮細(xì)胞、用PBS洗滌1次，600g 離心5分鐘, 離心后去除上清PBS，保留細(xì)胞沉淀
全血樣本
提供0.5-2ml外周血或者白膜層; 放到1.5 /2.0ml 離心管里; 避免肝素抗凝管
石蠟切片F(xiàn)FPE
提供 ≥ 1ug; 片段主帶大于500bp以上; 濃度≥ 20ng/ul; 基于Qubit定量
提供不少于15張切片，組織面積不小于1cm2, 4-10μM 厚; 腫瘤細(xì)胞比例不少于30%; 切片放到1.5 /2.0 ml 離心管里
血漿/血清/cfDNA
提供>15ng cfDNA, 沒有大片段基因組，單核小體cfDNA占比不少于50%
提供1-4ml血漿/血清; 樣本準(zhǔn)備注意事項見附件1, 提供采血管
微量樣本
提供不少于100ng DNA, 濃度≥ 2ng/ul, 基于Qubit定量
其他臨床樣本
例如唾液, 尿液, 各類灌洗液, 拭子, 分泌物等樣本, 咨詢技術(shù)支持
備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸，建議加幾塊冰袋更安全
數(shù)據(jù)信息分析
CpG Island Panel
分析內(nèi)容
備注
標(biāo)準(zhǔn)分析
1、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量
2、與參考基因組比對
比對率和覆蓋度分析
3、羥甲基化位點Calling
評估胞嘧啶羥甲基化狀態(tài)
4、羥甲基化分布圖譜分析
羥甲基化在基因組、功能元件上的分布
5、組間差異羥甲基化DMR分析
尋找hDMR及注釋
6、差異羥甲基化基因DMG分析
hDMG富集分析GO，KEGG
7、多樣本聚類分析
PCA分析多樣本甲基化變化規(guī)律
高級分析
8、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析
例如與基因組, 轉(zhuǎn)錄組, 代謝組等數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析
9、關(guān)聯(lián)臨床信息分析
結(jié)合樣本臨床信息進(jìn)行統(tǒng)計分析挖掘
10、其它定制化分析
結(jié)合課題背景亮點挖掘
案例分析1：小鼠胚胎干細(xì)胞的羥甲基化研究
Dynamics of DNA hydroxymethylation and methylation during mouse embryonic and germline development. Nat Genet 55, 130–143 (2023)
研究背景：在哺乳動物中，DNA 5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)參與了胚胎早期發(fā)育過程中的甲基化重編程。然而，5hmC在多大程度上參與全基因組甲基化重編程仍然是未知的。
研究材料：小鼠胚胎細(xì)胞(C57BL/6J)
研究方法：ACE-seq、轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq)
研究結(jié)果：
1、親代等位基因特異性描述了小鼠早期胚胎和生殖細(xì)胞中的5hmC景觀
2、與受精卵的新生甲基化或維持性甲基化相比，DNA羥甲基化與DNA去甲基化的相關(guān)性更強；
3、小鼠受精卵中Dnmt1/Uhrf1的異常核定位導(dǎo)致DNA復(fù)制偶聯(lián)被動去甲基化缺陷和5hmC沉積受損；
研究結(jié)論：
表征了小鼠早期胚胎和生殖細(xì)胞中的5hmC景觀，揭示了全基因組5-甲基胞嘧啶(5mC)維持與tee介導(dǎo)的氧化之間的差異。
圖1 小鼠早期胚胎和生殖系細(xì)胞DNA羥甲基組研究的實驗設(shè)計
圖2 E6.5胚泡至E13.5 PGCs外胚層細(xì)胞中5hmC的動態(tài)變化
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