RRBS簡介

　　DNA甲基化修飾參與多種生物過程的調(diào)控，涉及多種人類疾病，已成為重要的表觀修飾之一。

　　目前，DNA甲基化研究方法很多，研究人員可以根據(jù)實驗?zāi)康倪x擇好的的研究方案。 許多研究人員希望能夠準(zhǔn)確測定樣品中的甲基化胞嘧啶位點(diǎn)，并定量比較不同樣品在特定位點(diǎn)的甲基化水平。

　　WGBS(Whole Genome Methylation Sequencing)可以實現(xiàn)全基因組水平的單核苷酸分辨率DNA甲基化分析。 然而，由于全基因組測序和生物信息分析耗時長、成本高，許多研究人員逐漸開始選擇RRBS進(jìn)行基因組DNA甲基化研究。

　　什么是RRBS(簡并代表性亞硫酸鹽測序)

　　RRBS 是一種 DNA 甲基化研究方法，可在基因組水平上實現(xiàn)單核苷酸分辨率。 與 WGBS 的不同之處在于 RRBS 使用限制酶定位和選擇富含 DNA 甲基化的基因組亞基進(jìn)行研究。 與選擇全基因組研究甲基化的WGBS相比，RRBS可以幫助研究人員節(jié)省大量的測序工作。 成本。

　　RRBS 歷史

　　RRBS 由懷特黑德研究所的 Alex Meissner 和 Rudolf Jaenisch 實驗室于 2005 年發(fā)表在 Nucleic Acid Research 上。 他們初步的目標(biāo)是發(fā)現(xiàn)一種分析方法，可以在全基因組水平上大范圍、高分辨率地研究 DNA 甲基化序列。

　　為了證實這項技術(shù)的準(zhǔn)確性，Jaenisch 團(tuán)隊使用正常小鼠胚胎干細(xì)胞和三組缺乏 DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶 Dnmt3a 和 3b 以及 Dnmt1 的胚胎干細(xì)胞來比較樣本之間甲基化水平的差異。 實驗中以BgIII作為DNA甲基化限制性內(nèi)切酶消化基因組DNA，然后分離得到長度為500-600bp，用于文庫構(gòu)建和測序。 文章中研究人員使用的Sanger測序技術(shù)早于NGS。

　　目前，RRBS 方法和協(xié)議也得到了優(yōu)化和改進(jìn)。 首先，MspI 替代 BgIII 作為限制性內(nèi)切酶來富集 CpG，可以覆蓋更多的 CpG 位點(diǎn)。 也有報道稱，使用其他限制性內(nèi)切酶也可以獲得更好的富集效果。 隨著DNA測序技術(shù)的不斷發(fā)展，NGS逐漸取代了Sanger。 2011年，Alex Meissner團(tuán)隊發(fā)表了基于NGS技術(shù)的RRBS研究方法。 2015年將RRBS方法應(yīng)用于單細(xì)胞甲基化分析，解決了異質(zhì)細(xì)胞群的表觀基因組研究問題。

　　RRBS方法已在同行業(yè)數(shù)百種期刊發(fā)表，并多次被高影響因子期刊引用，研究DNA甲基化對紅細(xì)胞生成、亨廷頓病和B細(xì)胞活化的影響。