DNA甲基化芯片的應(yīng)用

　　DNA甲基化芯片是表觀遺傳學的重要組成部分，在維持正常細胞功能、遺傳印記、胚胎發(fā)育和人類細胞瘤發(fā)生等方面發(fā)揮著重要作用，是近年來新的研究熱點之一。隨著甲基化進行研究的深入，各種甲基化檢測技術(shù)方法發(fā)展應(yīng)運而生。

　　DNA甲基化檢測方法包括甲基化特異性PCR(MS-PCR)、亞硫酸氫鹽處理+測序、亞硫酸氫鈉限制性核酸內(nèi)切酶分析(COBRA)、熒光定量、微陣列技術(shù)和高通量測序。

　　基于芯片的甲基化圖譜分析，很多芯片公司都提供對應(yīng)DNA甲基化的產(chǎn)品。

　　1.Illumina 450K DNA甲基化基因芯片

　　Illumina Human Methylation 450K BeadChip 可檢測以及整個社會人類進行基因組中的 450.000 個甲基化位點，覆蓋 96% 的 CpG 島，并根據(jù)需要在人體干細胞中添加 CpG 島以外的 CpG 位點和非 CpG 甲基化位點 斑點，正常情況下的差異甲基化位點組織和細胞瘤組織、編碼區(qū)外的 CpG 島、miRNA 啟動子區(qū)域以及疾病相關(guān)區(qū)域中通過 GWAS 的位點，覆蓋了人類甲基化 27 BeadChip 的 90% 位點。每個芯片可以并行檢測 12 個樣本。結(jié)合學生全面、樣品通量高、價格實惠等優(yōu)勢，廣泛可以應(yīng)用于干細胞進行研究、細胞瘤等疾病相關(guān)研究。是一種適用于表觀基因組關(guān)聯(lián)分析的全基因組DNA甲基化芯片。

　　2.Infinium methylationepic beadchip (850k chip for short)

　　在原450k 芯片成功的基礎(chǔ)上，介紹了新一代 DNA 甲基化芯片。數(shù)據(jù)中納入了原450K芯片91%的位點，充分利用了原450K珍貴歷史數(shù)據(jù)，新增位點413745個(共853307個CpG位點)。 850K芯片全面覆蓋了ENCODE和FANTOM5項目中發(fā)現(xiàn)的基因啟動子區(qū)、基因編碼區(qū)、CpG島和增強子區(qū)。850K甲基化芯片不僅是研究細胞瘤等復雜疾病的有力工具，而且是研究表觀基因組關(guān)聯(lián)分析的合適的DNA甲基化技術(shù)。

　　3.Roche-NimbleGen 全基因組進行拼接技術(shù)芯片

　　每組芯片覆蓋全基因組，平均間距在100bp以內(nèi)，可以研究DNA甲基化對基因間和基因轉(zhuǎn)錄本內(nèi)基因的影響。除了常規(guī)的人類、大鼠和小鼠，芯片還包括重要的模式生物，如果蠅、線蟲、酵母和大腸桿菌。

　　4.microRNA DNA甲基化芯片

　　2008年，生物學家開始關(guān)注microRNA自身的調(diào)控機制。研究可以發(fā)現(xiàn)，細胞瘤細胞組織中一些問題具有抑癌功能的微小RNA發(fā)生DNA甲基化，其轉(zhuǎn)錄受到一定抑制，從而影響導致中國惡性病變發(fā)生和細胞瘤轉(zhuǎn)移。目前，microRNA對DNA甲基化的調(diào)控已成為生物學研究的新熱點。 Roche-NimbleGen推出的三款甲基化基因芯片和我們康成生物技術(shù)公司進行設(shè)計的一款具有甲基化控制芯片(芯片企業(yè)生產(chǎn)工作仍由NimbleGen完成)可用于中國人和提高小鼠microRNA的DNA甲基化的高通量分析研究。地下室監(jiān)管。

　　5.DNA甲基化芯片技術(shù)及臨床應(yīng)用

　　有多種方法可以研究 DNA 甲基化。高通量芯片技術(shù)的應(yīng)用大大加快了 DNA 甲基化與惡性病變、心血管疾病、糖尿病等疾病關(guān)系的研究進程。提高教學研究工作效率很可能發(fā)展已經(jīng)成為我們?nèi)祟惣膊≡\斷、預防和治療的有效工具。