WGBS都可以做什么分析

　　DNA甲基化是重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記信息，通常意義上的DNA甲基化是集中在整個(gè)基因組或特定地區(qū)C部位的甲基化水平數(shù)據(jù)，對(duì)表觀遺傳學(xué)的時(shí)空理性研究具有重要意義。WGBS是DNA甲基化研究的金標(biāo)準(zhǔn)，通過(guò)Bisulfite處理和全基因組DNA序列的結(jié)合，分析整個(gè)基因組的甲基化情況，可以用單堿基分辨率準(zhǔn)確評(píng)估單個(gè)C。

　　WGBS因?yàn)閿?shù)據(jù)量大，可以分析很多項(xiàng)目，還包括其他組學(xué)科的關(guān)聯(lián)，所以可以讓對(duì)該數(shù)據(jù)的解釋倒退。讓我們看一下WGBS產(chǎn)品的特性。

　　1.雙硫鐵礦實(shí)驗(yàn)的嚴(yán)格質(zhì)量控制

　　亞硫酸鹽處理效率是WGBS數(shù)據(jù)可靠性的重要指標(biāo)。Kidio的所有實(shí)驗(yàn)樣品中都添加了用于質(zhì)量控制的噬菌體LAMBA  DNA作為內(nèi)參，可以準(zhǔn)確評(píng)估每個(gè)樣品BS處理的效率，并在結(jié)算報(bào)告中顯示出來(lái)。心里可以知道自己項(xiàng)目數(shù)據(jù)的可靠性。

　　2.提供樣本群集信息，整個(gè)樣本關(guān)系一目了然

　　PCA、樹(shù)等的分析結(jié)果、多組樣本的群集關(guān)系、是否存在偏離樣本等一目了然。

　　3.不同地區(qū)甲基化率統(tǒng)計(jì)

　　我們將對(duì)以下不同類型基因組領(lǐng)域的平均甲基化率進(jìn)行分類和統(tǒng)計(jì)。特定地區(qū)平均甲基化率的變化對(duì)特定研究具有特殊意義。例如，轉(zhuǎn)座子上下游甲基化變化規(guī)律對(duì)研究植物DNA甲基化變化規(guī)律的老師來(lái)說(shuō)是非常有價(jià)值的分析點(diǎn)。

　　4.不同類型的c甲基化差異

　　DNA甲基化根據(jù)分館序列分為三種類型：CG、CHG和CHH的甲基化。三種甲基化修飾酶不同，潛在物種體內(nèi)也有不同的調(diào)節(jié)機(jī)制。例如，動(dòng)物體內(nèi)主要對(duì)CG類型的甲基化修飾有調(diào)節(jié)作用。植物中CHH類型的甲基化修飾由于RNA介導(dǎo)的DNA甲基化修飾而發(fā)揮著更重要的作用。

　　因此，在報(bào)告中，無(wú)論是網(wǎng)站還是地區(qū)差異甲基化分析，我們都會(huì)對(duì)CG、CHG、CHH進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，所以我們保證對(duì)它們對(duì)基因組的影響進(jìn)行細(xì)致的分析。