甲基化芯片相關(guān)知識簡介

　　甲基化芯片包含了原先的Infinium Methylation450 BeadChip芯片90%以上的內(nèi)容，這種選擇可提供一種廣泛、全面的甲基化組圖譜。而且還靶定了ENCODE計(jì)劃中確定為潛在增強(qiáng)子的區(qū)域，還有FANTOM5計(jì)劃在各種組織類型中確定出的增強(qiáng)子。

　　目前我們進(jìn)行甲基化分析常規(guī)使用的是Illumina HumanMethylation450 BeadChip，也就是我們常說的450K芯片。送檢的每個(gè)樣本均在單獨(dú)的陣列(包含紅色和綠色兩種通道)上進(jìn)行測量，每一個(gè)陣列包含450.000個(gè)CpG位點(diǎn)。每一個(gè)位點(diǎn)具有兩種不同的測量值：甲基化以及非甲基化測量值。

　　而這兩種值是通過“Type I”或“Type II”中的一種方式進(jìn)行測量?！癟ype I”用來只測量一種的顏色，而在這一個(gè)顏色通道種包括兩個(gè)不同的探針來分別測量甲基化以及未甲基化值。而“Type II”只有一個(gè)探針，但包括雙色通道來測量甲基化與未甲基化的值。我們需要注意的是在芯片種探針與CpG位點(diǎn)并非一一對應(yīng)的，450K芯片一共有48萬多個(gè)探針，而所包含的CpG位點(diǎn)差不多在45萬個(gè)左右。這一點(diǎn)我們之后還會再提及。

　　實(shí)際上一個(gè)芯片(slide)包括12個(gè)陣列(array)，而每一個(gè)陣列能夠分析一個(gè)樣本，機(jī)器可以同時(shí)分析8張芯片，所有，一次性可以沒有批次的分析96個(gè)樣本。

　　M值和β值：

　　450K甲基化芯片能夠?qū)?yīng)一個(gè)CpG位點(diǎn)測出甲基化測量信號強(qiáng)度(M， methylated value)值和非甲基化信號強(qiáng)度(U，unmethylated value)。β值則等于M/(M + U + offset)，這里的offset是偏移量，以防止出現(xiàn)分母為0的情況。而M值則等于log2 (M/U)，也就是根據(jù)熒光信號進(jìn)行l(wèi)og化。

　　在我們常規(guī)分析中，β值更加適合進(jìn)行甲基化水平的定量，能夠闡明生物學(xué)意義，任何等于或大于0.6的β值都被認(rèn)為是完全甲基化的。

　　任何等于或小于0.2的β值被認(rèn)為是完全未甲基化的。

　　β值在0.2和0.6之間被認(rèn)為是部分甲基化的。

　　而M值更適合用于進(jìn)行下游統(tǒng)計(jì)分析。