靶向甲基化測序技術(shù)的發(fā)展起源

　　靶向甲基化測序起源于1984年，那時(shí)候Church和Gilbert開發(fā)設(shè)計(jì)了一種單核苷酸屏幕分辨率的基因組DNA甲基化測序分析計(jì)劃方案。Maxam和Gilbert運(yùn)用肼(N2H4)與未甲基化(高反應(yīng)性)和甲基化(低反應(yīng)性)胞嘧啶的差別反應(yīng)性，在胞嘧啶帶中獲得可辨別數(shù)據(jù)信號(hào)，這種數(shù)據(jù)信號(hào)能夠進(jìn)一步轉(zhuǎn)化成甲基化水準(zhǔn)。亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換的基因組DNA非常適合Sanger有機(jī)化學(xué)，所以在20世際90時(shí)代，亞硫酸鹽測序(DNA甲基化分析“金標(biāo)準(zhǔn)”)發(fā)展趨勢推動(dòng)了甲基化測序的創(chuàng)新，有關(guān)技術(shù)自2005年已經(jīng)商業(yè)化的。2007年，根據(jù)亞硫酸鹽的焦磷酸測序(一種生成測序方式)根據(jù)釋放出來焦磷酸轉(zhuǎn)換，定量分析檢測核糖核苷酸摻加成正比例數(shù)據(jù)信號(hào)的即時(shí)轉(zhuǎn)換。很多表面基因組新項(xiàng)目，如人們表面基因組方案(HEP，源于2000年)和NAME21試驗(yàn)(NationalMethylome21.源于2005年)，巨大優(yōu)化了甲基化測序分析技術(shù)。在其中RRBS是一個(gè)典型性技術(shù)。

　　與靶向甲基化測序(Sanger測序或毛細(xì) 血管測序)對(duì)比，下一代測序(NGS)(二代測序)服務(wù)平臺(tái)的研發(fā)，如Roche454、Illumina和AppliedBiosystems，從源頭上影響了基因組學(xué)中的甲基化分析方式。NGS平臺(tái)根據(jù)復(fù) 制增加與空間分開的DNA模版或流式細(xì)胞術(shù)(FCM)分開的單獨(dú)DNA分子，能夠?qū)崿F(xiàn)單堿基對(duì)屏幕分辨率中的DNA甲基化分析。但NGS的一個(gè)關(guān)鍵警示是降低了對(duì)規(guī)模性生物信息學(xué)的讀長規(guī)定。

　　為防止在增加的DNA 片段生成環(huán)節(jié)中慢慢喪失同歩reads并確保read品質(zhì)，NGS技術(shù)大大縮短了讀長。讀長的減少必須生物特征計(jì)算出來的類似研討式，可能提升拼裝誤差。根據(jù)單獨(dú)DNA分子編碼序列reads，已經(jīng)積極主動(dòng)開發(fā)設(shè)計(jì)第三代測序(Long-readsequencing,長讀長測序)的新DNA甲基化分析方式。根據(jù)NGS技術(shù)的甲基化分析中，因?yàn)殚LDNA分子的劃分，甲基化數(shù)據(jù)的很長方式遺失。第三代測序運(yùn)用別的堿基對(duì)的5mC與眾不同數(shù)據(jù)信號(hào)，能夠?qū)崟r(shí)監(jiān)測長讀長單分子的DNA甲基化。