靶向甲基化測(cè)序分析技術(shù)的應(yīng)用

　　因?yàn)榈谌鷾y(cè)序已經(jīng)研發(fā)流程中，NGS測(cè)序平臺(tái)在靶向甲基化測(cè)序分析方式中依然占主導(dǎo)性。因?yàn)镻CR反映中欠缺內(nèi)源和生成的熱穩(wěn)定DNA甲谷丙轉(zhuǎn)氨酶，靶向甲基化測(cè)序信息內(nèi)容將于PCR擴(kuò)增期內(nèi)被敲減，因而絕大多數(shù)DNA甲基化測(cè)序都取決于基因組DNA的預(yù)備處理，已有的DNA甲基化NGS測(cè)序分析技術(shù)分成三大類：亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、酶切和聚集。以下是一些常見甲基化分析方式基本原理、運(yùn)用和相對(duì)性優(yōu)勢(shì)。這個(gè)方法關(guān)鍵根據(jù)增加或混種雜交前基因組DNA的差異預(yù)備處理，關(guān)鍵詳細(xì)介紹幾類根據(jù)處理芯片和捕捉到的DNA甲基化分析服務(wù)平臺(tái)。

　　(1)DNA甲基化重亞硫酸鹽測(cè)序分析技術(shù)

　　經(jīng)亞硫酸鹽處理基因組DNA中沒有甲基化胞嘧啶殘基可以比甲基化胞嘧啶迅速脫氨基并轉(zhuǎn)化成胰腺嘧啶。因?yàn)閬喠蛩猁}轉(zhuǎn)換的DNA僅由三種不同類型的堿基組成，限制對(duì)其處理芯片混種雜交的適應(yīng)能力，尤其是基因組區(qū)域范圍DNA甲基化分析。但亞硫酸鹽處理DNA非常適合測(cè)序分析，因?yàn)镹GS測(cè)序平臺(tái)開發(fā)設(shè)計(jì)，亞硫酸鹽測(cè)序技術(shù)如今在DNA甲基化分析中實(shí)現(xiàn)主導(dǎo)地位。

　　從那以后，約150項(xiàng)科學(xué)研究應(yīng)用RLGS來分析DNA甲基化。如應(yīng)用RLGS科學(xué)研究98例人原發(fā)性腫瘤中1184個(gè)未選擇的CpG島基因組DNA甲基化水準(zhǔn)，RLGS可以依照甲基化比較敏感限制性內(nèi)切酶(MRE)靶向治療潛在性CpG結(jié)構(gòu)域，該MRE能夠可選擇性酶切CpG結(jié)構(gòu)域基因組聚集地區(qū)或預(yù)測(cè)分析可能出現(xiàn)約束性精彩片段的基因組編碼序列。根據(jù)二維凝膠電泳分離出來酶轉(zhuǎn)換所產(chǎn)生的約束性精彩片段，在單獨(dú)實(shí)驗(yàn)操作中檢驗(yàn)超1000個(gè)CpG結(jié)構(gòu)域的CGI。RLGS廣泛用于結(jié)構(gòu)域、區(qū)域人體 器官靶向治療科學(xué)研究，如印痕結(jié)構(gòu)域和惡性腫瘤。除RLGS外，甲基化結(jié)構(gòu)域間增加(AIMs)和甲基化比較敏感引物設(shè)計(jì)PCR(MS-AP-PCR)的增加，早已用于評(píng)定基因組甲基化水準(zhǔn)。AIMs和MS-AP-PCR都依靠凝膠電泳、PCR物質(zhì)差別和內(nèi)切酶，如甲基化比較敏感或抵抗性限制酶。因?yàn)閯趧?dòng)效率大而屏幕分辨率比較低，這種疑膠分析技術(shù)正慢慢被替代。